SMPK Katolik Mater Dei Probolinggo menerapkan berbagai program peduli lingkungan sebagai bagian dari komitmennya terhadap Adiwiyata, di antaranya mewajibkan setiap siswa membawa tumblr untuk mengurangi sampah plastik sekali pakai, menyediakan kantin kejujuran yang menanamkan nilai tanggung jawab sekaligus mendorong penggunaan wadah ramah lingkungan, serta membiasakan pemilahan sampah organik, anorganik, dan B3 yang kemudian diolah atau didaur ulang untuk menjaga kebersihan dan kelestarian lingkungan sekolah.